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Text File  |  1994-08-02  |  3.4 KB  |  86 lines
  1. SIMS_File_Readers
  2. Christina Lam
  3. August 22, 1993
  4.  
  5. Summary: Description of file readers developed at SIMS
  6.  
  7. Extensions to SciAn Developed at SIMS
  8. =====================================
  9.  
  10. New SciAn file readers were developed at SIMS, to allow SciAn
  11. to visualize input data from additional file formats for use in chemistry.
  12. The SIMS readers allow SciAn to interpret data in XMol's XYZ format, 
  13. standard N-M1G basis sets from Gaussian92, a transition-type basis set 
  14. format for molecular orbital information from other programs, and 3D PLOT
  15. grid data from BioSym's DMol software.  These readers were written
  16. under communication with John Tse from the Molecular Dynamics Group and
  17. Rene Fournier and Fabrizia Negri in Theoretical Chemistry.
  18.  
  19. File Reader Descriptions
  20. ========================
  21. The XYZ file reader will visualize molecules in ball-stick or wireframe 
  22. form.  Multi-frame XYZ files may be read for animation of molecules.  
  23. The bonds may be guessed based on either the covalent radii of atoms or
  24. an arbitrary minimum interatomic distance.  This file reader uses the
  25. XYZ format specified by Minnesota SuperComputer's program, XMol.  The XYZ
  26. format is often convenient because it requires minimal information, namely,
  27. the number of atoms, atomic type, and cartesian coordinates of the nuclei.
  28.  
  29. The GSN file reader will extract the coefficients and exponents
  30. of gaussian primitives from a G92 output file, and approximate 
  31. the molecular orbitals by a linear combination of the primitives. 
  32. The GSN file reader can read standard N-M1G basis sets, with
  33. or without additional polarization or diffuse functions.
  34. The reader will recognize S,P,D shell types, but not F orbitals.
  35. In addition, it will take the atomic coordinate information in
  36. the G92 output file to generate a ".atoms" dataset for visualizing
  37. the molecule in ball-and-or-stick form.  The combined visualization
  38. of the molecular orbitals and the ball/stick molecule can be
  39. quite informative.  
  40.  
  41. The GSN1/2 file readers are scaled-down versions of the GSN reader.
  42. These file readers are intended for basis set information from programs
  43. other than Gaussian.  The information required are the grid boundaries
  44. and resolution, and the shell coefficients, types, exponents, and 
  45. atomic centre coordinates for each primitive.
  46.  
  47. The GRD file reader is intended for DMol users only.  It will take
  48. data generated by DMol's PLOT command as discussed on pages B31-35
  49. of the DMol User's Manual.
  50.  
  51. Technical Notes on Modifications
  52. ================================
  53. The new file readers were developed on top of SciAn Beta release version
  54. 0.82.  The following files were changed:
  55.  
  56.     ScianSIMSFiles.c
  57.     ScianSIMSFiles.h
  58.     ScianPeriodicTable.h
  59.  
  60. and #define SIMSFILES was added to machine.h.
  61.  
  62. The main sources of information tapped during the development of the file 
  63. readers were Chapter 7 of the SciAn reference manual, code for other
  64. file readers, and personal communication with the authors of SciAn,
  65. especially Eric Pepke.  
  66.  
  67. The ideas, file specifications, and data files for testing came from
  68. John Tse (Molecular Dynamics), Rene Fournier and Fabrizia Negri 
  69. (Theoretical Chemistry).
  70.  
  71. The modified code has been released to SciAn, to be distributed freely
  72. to anyone who would like it.
  73.  
  74. The GSN file reader can read standard N-M1G basis sets, with
  75. or without additional polarization or diffuse functions.
  76. The reader will recognize S,P,D shell types, but not F orbitals.
  77.   
  78. ====================
  79. Christina Lam
  80. August 1993
  81. Summer Student
  82. email: lamchri@ecf.utoronto.ca
  83. (until May 1994)
  84.  
  85.  
  86.